芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析（二） 双尾检测相关性不显著
我要评论2.2 中性绘图分析
芒果叶绿体基因组GC12的芒果密码取值范围在0.33～0.56之间，GC3的叶绿因组取值范围在0.18～0.32之间，基因全部落在中线对角线上方（图1）。体基GC12与GC3的使用相关系数0.279（表2），双尾检测相关性不显著，偏好回归系数（曲线斜率）为0.3544，性分析相关性较弱。芒果密码结合图1和表2表明芒果叶绿体基因组密码子第1、叶绿因组2位和第3位碱基之间关联性不大，体基自然选择在芒果叶绿体基因组密码子偏好使用中起主要作用。使用
2.3 ENC-plot绘图分析
ENC-plot绘图以ENC比值[（预期ENC值～实际ENC值）/预期ENC值]和ENC比值频数判断偏好性影响因素，偏好揭示ENC与GC3s的性分析关系，反映碱基组对密码子偏好性的芒果密码影响程度。基因坐标点离标准曲线的叶绿因组距离近且数量较多说明偏好性主要受到突变的影响；反之说明偏好性受选择的影响较大。图2结合表3显示60%共33个基因分布在–0.05～0.05之间，体基这33个基因的实际ENC值与预期ENC值接近，与标准曲线的距离较近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22个，这22个基因与预期ENC值较远，在标准曲线较远的位置。说明芒果基因组密码子偏好性与GC3的差异有关，突变对芒果叶绿体基因组密码子偏好性的影响较大。
2.4 PR2-plot绘图分析
PR2-plot绘图通过分析密码子第3位碱基的组成关系，揭示密码子使用偏好性的影响因素。由图3可以看出芒果基因在4个区域内分布不均匀，多数分布于平面图的左下方。T和C在密码子第3位出现的频率较高，G与C、A与T的使用频率不相等，T的使用频率高于A，C的使用频率高于G，嘧啶的使用频率高于嘌呤，说明突变不是影响芒果密码子使用偏好性的唯一因素，选择等其他因素对芒果密码子使用偏好性也产生一定的影响。
2.5 相对同义密码子使用度分析
利用codonW软件对芒果55条基因序列的RSCU值进行计算（表4）。结果显示RSCU＞1的密码子共31个，出现频率相对较高的是以A（13个）或T（16个）结尾的密码子，是芒果基因组偏爱；以G（1个）或C（1个）结尾的密码子出现的频率较低且RSCU值多小于1，说明这些是基因组非偏好的密码子。
相关链接：芒果，基因组，嘧啶，嘌呤
声明：本文所用图片、文字来源《热带作物学报》，版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题，请与本网联系
相关文章
个人住房公积金贷款利率5月8日起下调中国人民银行7日宣布，自5月8日起，下调个人住房公积金贷款利率0.25个百分点。据悉，5年以下含5年）和5年以上首套个人住房公积金贷款利率分别调整为2.1%和2.62025-05-09
中国消费者报上海讯记者刘浩）两家公司就客车车牌额度出租签订协议，后续却在协议效力、违约的处理上出现了分歧。近日，上海市第一中级人民法院以下简称上海一中院）审理了这样一起客车车牌额度租赁纠纷案件。最终，2025-05-09- 中国消费者报沈阳讯记者王文郁）12月29日，《中国消费者报》记者从辽宁省市场监管局了解到，为推动辽宁企业应用现代管理制度，推广实施企业首席质量官制度，进一步完善质量治理体系，加强全方位全过程质量管理，2025-05-09
- 中国消费者报长春讯记者李洪涛）12月22日上午，第16届中国长春电影节主体活动之一——2021年度全国电影频道联盟年会暨高峰论坛在吉林长春举行。论坛围绕“突围、融合2025-05-09
在数字技术重构人类认知疆域的今天，奇幻世界的构建早已突破传统叙事框架的束缚。创造与魔法魔物寻踪：奇幻世界的秘境探险与神秘生物发现之旅作为跨媒介叙事的创新典范，其价值不仅在于构建了一个充满奇异生物的幻想2025-05-09- 中国消费者报北京讯记者武晓莉）中央网信办日前召开全国网信系统视频会议，部署开展“清朗·打击流量造假、黑公关、网络水军”专项行动。会议指出，当前，流量造假、黑公关、2025-05-09
最新评论